日本小児歯科学会専門医制度は1988年4月１日に施行された認定医制度に端を発し、その後の学会の法人化とともに2006年3月24日に専門医申請団体として厚生労働省から認可を受けて発足しました。2020年3月31日で専門医は1,175名（うち専門医指導医238名）となっております。一方で現在、本学会専門医は2018年7月28日に設立された日本専門医機構（第三者機構）に移行しています。日本専門医機構は各専門領域学会における専門医制度やその運用実態などを客観的に評価・認定し、もって歯科専門医の育成と資格認定等に係る歯科医師専門医制度の標準化を図ることによって、歯科専門医の研修内容を充実させると共に、診療レベルや診療能力（知識、技能、態度）の向上に資するものです。